Фамилия Нагинаева — женская форма, а мужская — Нагинаев. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Нагинай, а тот корень, в свою очередь, восходит к прилагательному «нагой», то есть голый, бедный, раздетый. В старину слово «нагой» имело и переносное значение — «неимущий, нищий», но необязательно с уничижительным оттенком: в среде крестьян и посадских людей прозвище Нагой могли дать как бедняку, так и человеку, который ходил легко одетым, не кутался, или даже тому, кто брил бороду (в допетровской Руси это было заметно). Суффикс -ай в именах и прозвищах — характерная черта древненовгородской и севернорусской традиции (сравните: Миляй, Гуляй, Хватай). То есть Нагинай — это не просто «голый», а человек, получивший такое прозвище за какую-то бросающуюся в глаза особенность: бедность, привычку ходить без верхней одежды или, возможно, за лысину.

Фамилия образована по патронимической модели: сначала от прозвища Нагинай появилось отчество Нагинаев (чей сын? — Нагинаев), которое затем закрепилось как фамилия. Окончание -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий звук (в имени Нагинай конечный звук й — мягкий). Эта модель широко распространена в русских фамилиях, но сочетание корня наг- с редким суффиксом -ай делает Нагинаева заметной на фоне более частых Нагих, Наговицыных или Нагибиных.

Среди однокоренных фамилий — Нагин, Нагов, Нагой, Нагаев. Последняя, кстати, может быть и тюркской (от имени Нагай), поэтому путать не стоит: Нагинаев — однозначно славянская фамилия, без тюркского налёта. Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям, встречается в Воронежской, Саратовской, Волгоградской областях, а также на Дону — там, где в XIX веке была высока доля крестьянского и казачьего населения. В дворянских родословных книгах Нагинаевы не значатся: фамилия скорее всего крестьянская или мещанская, что подтверждается её прозвищным, «бытовым» происхождением. Никаких легенд о знатном родоначальнике или выезде «из орды» у неё нет, и в этом её честная простота.