Фамилия Накаидзе образована от мужского тюркского имени Накай, которое, как и многие восточные имена, состоит из двух частей. Первая из них восходит к арабскому имени Наки - «чистый, непорочный, невинный». Однако возможно также, что имя Накай происходит от греческого имени Никодим («победитель народов»).