Фамилия Нахошкин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного суффикса -ов/-ев или -ин, который обычно образует фамилии от имени отца. Суффикс -кин чаще встречается в северных и центральных русских говорах, но основа здесь неочевидна.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Нахошка. В русских диалектах, особенно в вологодских и архангельских, слово «нахо́шка» могло означать «находка» или «подкидыш» — ребёнка, которого нашли или взяли на воспитание. Прозвище давали либо самому найдёнышу, либо человеку, который его приютил. Второе значение — «нахал», «наглец», от глагола «наха́льничать» (быть дерзким). Однако в говорах слово «нахошка» чаще фиксируется именно в значении «найдёныш», что делает эту версию более правдоподобной.

Менее вероятно, что основа восходит к имени Нах (сокращение от канонического имени Нафанаил или Наум) с суффиксом -ошк-, который придаёт уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок: Нах → Нахошка → Нахошкин. Но для этой модели нет надёжных параллелей в русской ономастике, и она остаётся гипотезой.

Фамилия Нахошкин почти не встречается за пределами России. По данным открытых источников, её носители в основном живут в Центральной России и на Урале, что косвенно подтверждает диалектное происхождение. Социальный состав не прослеживается: среди Нахошкиных были и крестьяне, и мещане, но без документов о сословной принадлежности гадать не стоит. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия образована не от профессии или географического названия, а от личного прозвища, и в основе лежит слово, вышедшее из активного употребления.