Фамилия Наношкин — один из тех редких случаев, когда корень слова угадывается без словаря, но точное значение ускользает. Первое, что приходит на ум: «наношка» — что-то маленькое, от приставки «нано-». Но это ложный след: приставка пришла в русский язык из греческого только в XX веке, а фамилия явно старше.

На самом деле в основе лежит диалектное слово «нано́га» или «нано́жка» — так в южнорусских и украинских говорах называли часть упряжи, ремень, который идёт от седла к стремени, или просто ножной ремень. Человек мог получить прозвище Наношка, если он делал такую сбрую, торговал ею или, что вероятнее, имел какую-то особенность походки или ног — например, хромоту или необычно длинные ноги. Суффикс -к- в прозвище типичен для уменьшительно-пренебрежительной формы, так что прозвище могло быть необидным бытовым именем.

Модель образования фамилии проста: прозвище Наношка + типичный русский суффикс принадлежности -ин. Это указывает на то, что предок носителя фамилии был известен в своей общине именно под этим прозвищем. Фамилии на -ин чаще всего встречались на севере и в центре России, в то время как на юге предпочитали -ов/-ев. Однако из-за диалектной основы «нано́га» можно предположить, что родина фамилии — южные или юго-западные губернии, откуда носители потом мигрировали.

Встречается также вариант написания «Наношкин» с ударением на второй слог — Нано́шкин. В некоторых регионах прозвище могли произносить как «нанышка», что дало бы фамилию Нанышкин, но она ещё реже. Других версий происхождения, кроме как от детали конской упряжи, у ономастов нет — ни от имени, ни от профессии священника или воина. Фамилия остаётся редкой и локальной, и её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или ремесленной среды, связанной с коневодством или кожевенным делом.