Фамилия Наношкины — редкий случай, когда исходное слово почти стёрлось, а суффикс подсказывает, где искать. Форма на -ин (в именительном падеже множественного числа — -ы) указывает на притяжательное значение: «чьи?» — Наношкины, то есть «дети, потомки Наношки». В основе лежит прозвище или некалендарное имя Наношка.

Что такое «Наношка»? В русских говорах слово «на́ный» означало «названный, неродной», а «на́нок» — «приёмыш, пасынок». В словаре Даля зафиксировано: «нанок — приёмыш, воспитанник, вскормленник». Соответственно, Наношка — ласкательная форма от «нанок»: так могли называть ребёнка, взятого в семью на воспитание, или найдёныша. Прозвище могло закрепиться за самим приёмышем, а затем перейти к его детям — уже как фамилия Наношкины.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «на́нить» (нянчить, пестовать). Тогда Наношка — нянька или тот, кто выхаживал чужих детей. Однако в этом случае фамилия скорее была бы профессиональной, а не прозвищной.

Фамилия недворянская и недуховная: суффикс -ин и отсутствие в родословных книгах говорят о крестьянском или мещанском происхождении. Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России — там, где слово «нанок» было в ходу. По переписям XIX века единичные носители отмечены в Вятской и Костромской губерниях.

Важно не путать с фамилией Наношкин (без конечного -ы): форма множественного числа характерна для фамилий, которые закрепились в виде родительного падежа от названия целого рода («дом Наношкиных»). В современном обиходе часто используют форму «Наношкин», но исторически верное написание — с окончанием -ы, указывающим на коллективное происхождение.