Фамилия Наночкин — один из тех редких случаев, где корень слова почти полностью стёрся за века, оставив нам лишь суффиксальную оболочку. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть не на «нано-» (которое сегодня ассоциируется с наукой), а на старую русскую уменьшительную форму.

В основе фамилии лежит некалендарное или крестильное имя Нан, Нана или Наня. В русских говорах «наня» — ласковое обращение к няне, кормилице или старшей сестре. Но есть и другая, более вероятная версия: имя Нан могло быть сокращением от крестильного имени Иоанн (Иван) в его простонародной форме — «Иван» → «Ваня» → «Наня». Переход начального «и» в «н» встречается в диалектах (ср. «индюк» и «ндюк»). Таким образом, Наночка — это ласкательная форма от Нани, а Наночкин — буквально «сын Наночки» или «человек из семьи Наночкиных».

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному лицу. Если бы основа оканчивалась на согласный, мы бы увидели -ов (Наночков), но здесь мягкое окончание — значит, исходное прозвище или имя звучало как Наночка.

Географически фамилия редкая и точечная. В дореволюционных источниках она встречается преимущественно в центральных губерниях России — Московской, Тверской, Ярославской. Скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или мещанами, поскольку в дворянской среде такие «домашние» формы на -очка встречались реже (там предпочитали полные имена с суффиксом -ов).

Интересная деталь: при всей редкости фамилия избежала искажений. В переписях XIX века она записывалась устойчиво — Наночкин, без вариантов вроде Наначкин или Ноночкин. Это говорит о том, что прозвище было осмысленным для носителей: они знали, что их предка звали именно Наночкой, и не путали с «нанайкой» или «нонкой».