Фамилия Наножкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка описывало не внешность или характер человека, а его обувь или способ её ношения. В говорах «на ножках» или «на ноге» могло относиться к чему-то, что постоянно было надето, либо к человеку, который не снимал обуви в неподходящих ситуациях. Но самая конкретная версия связана с диалектным словом «наножник» — так в некоторых областях называли чулок, носок, портянку или даже гамашу. Прозвище Наножка или Наножок давали тому, кто выделывал такие изделия, торговал ими или просто носил заметные, необычные чулки.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Наножкин — буквально «сын Наножки». Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Нанóжкин. Это отличает фамилию от возможного ошибочного прочтения как «на нóжкин» (связь с ножом), но корень здесь именно «нога», а не «нож». Встречается вариант написания с одной «н» — Ножкин, но он может быть и самостоятельной фамилией от прозвища Ножка (маленькая нога или ножка стола).

Фамилия редкая и не имеет широкой географии. Встречается в центральных и северных областях России, где были распространены диалектные слова с приставкой «на-» (набрюшник, нарукавник). В дореволюционных переписях носители Наножкины могли быть как крестьянами, так и ремесленниками, связанными с кожевенным или текстильным делом. Никаких выдающихся исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано, что только усиливает её «ремесленный», бытовой характер.

Спорных версий происхождения практически нет — корень прозрачен, а альтернатива в виде «на ножах» (от оружия) маловероятна: прилагательное «наножный» в русском языке означает «находящийся на ноге», а не «на ноже». Так что предок современного Наножкина, скорее всего, был человеком, которого в деревне знали по его чулкам, портянкам или привычке ходить в обуви не снимая.