Фамилия Накоскин образована от прозвища Накоска или Накоска. В основе, скорее всего, лежит диалектный глагол «накосить» — в одном из переносных, а не прямых значений. Прямое значение (заготовить сено) слишком нейтрально и редко становилось основой для прозвища. Куда вероятнее, что прозвище дали человеку за манеру косить глазами, то есть быть косоглазым. В русских говорах «накосить» могло означать «сделать косым», «искривить». Такой человек получал прозвище Накоска — «тот, кто косится» или «кривой».

Суффикс -ин в фамилии Накоскин — притяжательный, типичный для русского Севера и центральных областей. Он указывает на принадлежность: «сын Накоски» или «из рода Накоски». Модель образования проста: прозвище на -а, -я плюс -ин. Это одна из древнейших и самых распространённых схем русских фамилий, но в данном случае основа не от крестильного имени, а от прозвища.

Встречается и более редкая, но не лишённая оснований версия: от слова «накос» — скошенная трава, покос. Тогда прозвище Накоска мог получить косарь, работник на сенокосе. Однако такая мотивировка встречается реже: прозвища от названий орудий труда или действий обычно звучат иначе (Косарев, Косец), а форма Накоска ближе к качественной характеристике человека.

Географически фамилия привязана к северным и северо-восточным регионам России — Вологодской, Архангельской, Кировской областям. В этих местах суффикс -ин в фамилиях от прозвищ на -а преобладает, и Накоскин встречается именно там. В южных и западных регионах та же основа дала бы форму Накосков (с суффиксом -ов), но такие варианты практически не фиксируются.

Таким образом, предок носителей фамилии Накоскин — человек, которого в своей общине знали по заметной особенности: либо за косоглазие, либо за работу на сенокосе. Первая версия выглядит более живой и характерной для прозвищной традиции. Фамилия недворянская, крестьянская или посадская, что подтверждается её словообразованием и ареалом.