Фамилия Накосский звучит так, будто её обладатель родом из какого-то места с названием Накосы или Накосск. В этом и кроется основная версия её происхождения. Типичный географический суффикс -ск- указывает на то, что фамилию дали по местности: «Накосский» — тот, кто из Накосого. Такие фамилии в XIX веке часто получали выходцы из духовного сословия, когда семинаристам меняли бытовые фамилии на более «благородные» по названиям сёл или приходов.

Однако на карте нет известного крупного села с таким названием. Скорее всего, исходный топоним был мелким — хутор, урочище или даже временный стан. Основа «накос» в русских говорах имеет прямое отношение к сенокосу: «накос» — это скошенная трава, прокос, или место, где косят. Если предки жили на покосе, у речного накоса или в местности, где было много накошенного сена, прозвище Накос или указание «с накоса» легко могло превратиться в фамилию Накосский. В этом случае суффикс -ский работает не как топонимический, а как притяжательный, указывающий на признак: «относящийся к накосу».

Версия с польским или белорусским следом тоже возможна. В западнославянских языках «nakos» или «nakosny» может означать «косой», «кривой», или же быть производным от имени собственного. Фамилии на -ский там особенно часты у шляхты, и Накосский мог быть фамилией обедневшего дворянина, записанной по названию имения. В России такие фамилии встречаются редко, что подтверждает их локальный или искусственный характер.

В отличие от массовых фамилий на -ов, Накосский не мог возникнуть у крестьянина в центральной России — там бы сказали «Накосов». Поэтому носитель фамилии Накосский с высокой вероятностью имеет корни либо в среде духовенства (семинарская фамилия), либо в западнорусских или польских землях, где модель на -ский была нормой для всех сословий. Сравните с похожими по схеме фамилиями: Косский, Покосский, Сенокосов — все они связаны с темой сенокоса или косьбы, но Накосский стоит особняком именно из-за редкой приставки «на-», которая буквально «привязывает» человека к месту действия.