Фамилия Накпаев образована от именования Накпай, которое, вероятно, связано с аналогичным названием реки, протекающей по территории Узбекистана. Такое название также носит село, расположенное на одном из берегов этой реки. Соответственно, именование Накпай могло указывать на место жительства его носителя или на его принадлежность к роду, жившему в селении Накпай. Вполне вероятно, что именование Накпай было именем, которое состоит из двух основ. Так, в основе первой части именования Накпай лежит тюркское слово «накай», которое переводится как «глупый», «глупец». Не исключено, что первая часть имени восходит к киргизскому слову «накай» - «как раз, точь-в-точь». Второй компонент имени — «пай» — по одной из версий, является диалектным вариантом слова «бай», означающего «богатый, состоятельный, могущественный человек; господин, хозяин». Согласно другой гипотезе, вторая часть фамилии Накпаева связана с тюркским словом «пай» - «часть, доля, счастье».