Фамилия Накруткин — одна из тех, где прозвище-основа лежит на поверхности, но за ней стоит не столько ремесло, сколько характер или привычка. Корень «крут-» здесь не от слова «крутой» в современном смысле, а от глагола «крутить». Прозвище Накрутка могли дать человеку суетливому, непоседливому, который постоянно вертится, «накручивает» себя или других, либо тому, кто любил накручивать что-то руками — нитки, верёвки, детали. В русских говорах «накрутка» означала и хитрость, увёртку, так что прозвище могло закрепиться за изворотливым человеком.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Накруткин — сын Накрутки. Это типичная модель для прозвищ и личных имён, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов, которые образуются от основ на твёрдый согласный, -ин характерен для основ на мягкий или шипящий. В данном случае прозвище Накрутка дало форму Накруткин, что закрепилось как фамилия в центральных и северных регионах России.

Любопытно, что фамилия не связана с каким-то одним ремеслом — в отличие, скажем, от Ткачёва или Кузнецова. Накруткой могли назвать и мастера, навивающего нить на веретено, и бойкого торговца, и просто человека с беспокойным нравом. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные модели разбираются как характерные для «прозвищ по действию» — то есть фамилия скорее психологическая, чем профессиональная.

Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении. Вероятнее всего, она возникла в одной из северных или центральных губерний, где прозвища на -ка были особенно распространены. Стоит заметить, что фамилия Накруткин — не переделка иностранной и не результат канцелярской ошибки: она прозрачна по смыслу и укладывается в типичную восточнославянскую модель словообразования.