Фамилия Накул почти наверняка восходит к румынскому имени Накул — народной форме канонического имени Николай. Для Румынии и Молдавии такие сокращения типичны: так же, как русские звали Николая Коля, румыны превратили его в Некулай, а затем и в Накул. Само имя Николай пришло из греческого и значит «победитель народов», а в православных святцах числится около двадцати святых с этим именем, поэтому оно широко распространено у всех православных народов, включая румын.

Вопрос в том, как это имя закрепилось в качестве фамилии. В румынской традиции фамилии часто образовывались прямо от имени отца без дополнительных суффиксов, поэтому Накул могло означать просто «сын Накула» или «человек из семьи Накула». Однако у носителей фамилии в русскоязычной среде форма Накул выглядит необычно: она не имеет привычных русских окончаний -ов или -ин, что указывает на её иноязычное, скорее всего молдавское или румынское, происхождение.

Менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем, образованным от глагола «накалить» или существительного «накал». Но такая трактовка сомнительна: в русских говорах подобное прозвище не зафиксировано, а сама фамилия встречается преимущественно в регионах с молдавским влиянием, например на юге Бессарабии. Поэтому версия о происхождении от имени Николай остаётся основной.

Стоит учесть и то, что в старых документах фамилия могла писаться иначе: Некулай, Некул или Накула. Современное написание Накул, скорее всего, закрепилось при русификации, когда отсекли конечный гласный, чтобы фамилия звучала привычнее для русского уха. Такая адаптация типична для молдавских и румынских фамилий в XIX–XX веках.