Фамилия Накушнов — хороший пример того, как за привычным суффиксом -ов может скрываться неочевидная и редкая основа. В отличие от массы фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или названий профессий (Кузнецов, Плотников), корень здесь тёмный и требует разбора.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Накушн(ый) или Накушня. Такие прозвища в русских говорах могли давать по поведению или внешности. Если отталкиваться от глагола «кушать» (есть), то приставка на- могла указывать на человека, который «накушивал» что-то — например, много ел, был обжорой, или, наоборот, был прижимистым и «накушивал» добро. Однако более правдоподобна связь с диалектным словом «кушня» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли кожух или тулуп. Тогда Накушня — это человек, который носит на себе кушню, то есть одет в тёплую шубу, либо мастер по пошиву такой одежды. Суффикс -ов в фамилии — стандартный патронимический, указывающий на принадлежность: «сын Накушни».

Географически фамилия тяготеет к югу России и Северному Кавказу. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — возможно, от прозвища в одном конкретном селе или станице. В пользу версии с одеждой говорит и то, что в казачьей среде, где были распространены фамилии на -ов, прозвища по предметам быта давали охотно.

Если же предположить, что корень тюркский (что для южных областей не редкость), то можно вспомнить тюркское «куш» — птица. В таком случае Накушнов могло бы означать «сын птицелова» или «сын того, кто держит птицу». Но эта версия менее устойчива, так как приставка на- не характерна для тюркских заимствований в русских фамилиях.

Таким образом, наиболее вероятно, что предок носителя фамилии Накушнов получил прозвище по одежде или манере есть, а сама фамилия закрепилась в южнорусском регионе.