Фамилия Налдибекова — редкий случай, когда географический и этнический корень почти очевиден, но точное значение ускользает. Основа фамилии — мужское имя Налдибек, которое представляет собой тюркскую двукорневую конструкцию. Первая часть, «налды», скорее всего, восходит к тюркскому «нал» — «подкова» или, в переносном смысле, «прочный, как подкова». В казахском и киргизском языках «нал» может означать «подошва» или «подкова», что намекает на прозвище, данное человеку крепкому, выносливому, возможно, конному воину или кузнецу. Вторая часть — «бек» (князь, господин) — титул, который в составе имени указывал на знатное происхождение или высокий статус. Таким образом, имя Налдибек можно перевести как «крепкий, как подкова, господин» или «подковный бек» — прозвище, которое со временем закрепилось как родовое имя.

Суффикс «-ова» в окончании указывает на принадлежность к роду: Налдибекова — дочь или жена Налдибека. Фамилия образована по русской модели, что типично для народов Северного Кавказа, Средней Азии и Поволжья, где в XIX–XX веках фамилии русифицировали, добавляя окончание -ов/-ев. В данном случае этническая привязка скорее всего казахская или киргизская, так как компонент «нал» в именах встречается именно в этих языках, а не, скажем, у татар или башкир, где чаще используют «наил» (арабское «получающий»). Спорная версия: если «нал» — искажение от арабского «наиль» (достигающий), то имя могло читаться как Наильбек, но написание «Налдибекова» устойчиво указывает на тюркский корень с конкретным значением «подкова».

Географически фамилия редкая, встречается в основном в южных регионах Казахстана и среди казахов, переселившихся в Россию. В дореволюционных метрических книгах она почти не фиксируется — это говорит о том, что фамилия могла сложиться поздно, в советское время, когда паспортизация закрепляла за людьми уличные или родовые прозвища. Носители фамилии, вероятно, происходят из среды скотоводов или ремесленников, где ценилась физическая сила и выносливость, отражённая в основе имени.