Фамилия Наливахина — женская форма фамилии Наливахин, а та, в свою очередь, восходит к прозвищу Наливаха. Основа здесь прозрачная и глагольная: «наливать». В русских говорах «наливахой» называли не просто любителя выпить, а человека, который наливает — например, виночерпия, кравчего, слугу, разливающего напитки за столом. В более широком смысле так могли прозвать расторопного, услужливого человека, который «наливает» в прямом смысле (воду, квас, брагу) или в переносном — подливает масло в огонь ссоры.

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: к основе глагола «наливать» добавили суффикс -ах-, который образует прозвища по действию (ср. Мазай — от «мазать», Ламай — от «ломать»). Затем к прозвищу Наливаха прибавили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «сын Наливахи» или «семья Наливахиных». Таким образом, Наливахин — это люди из рода того самого Наливахи.

Интересно, что фамилия имеет характерную региональную привязку. По данным исторической ономастики, прозвище Наливаха и производные фамилии особенно распространены в южнорусских и украинских землях, а также в казачьей среде. Там «наливаха» могло быть ироничным прозвищем запорожца, который «наливает» себе кружку, или, наоборот, уважительным именем шинкаря. Не исключена и связь с глаголом «наливать» в значении «лить металл» — литейщик, но это менее вероятно: для ремесленников использовали другие модели (Литейщиков, Заливайко).

В отличие от многих фамилий, где корень затемнён, здесь всё лежит на поверхности. Первый носитель фамилии, скорее всего, был человеком, чья работа или привычка была связана с разливом напитков — либо он сам был мастером наливать, либо его так прозвали за характер. Суффикс -ин указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где преобладали отчества на -ин (в основном в Московской Руси и северных землях, но для прозвищ на -аха это не строгое правило).