Фамилия Налоев — редкая и с точки зрения словообразования, и по корню. На первый взгляд она кажется простой: суффикс -ев указывает на происхождение от отчества или прозвища, оканчивавшегося на -ей или -ай. Но с основой «Налой» всё сложнее.

Самый прямой путь — через имя Налой. Это некалендарное, мирское имя, которое могло быть производным от глагола «налить» или существительного «налой» (аналой — церковный столик для икон и книг). В старину аналой называли также «налой», и человек, служивший при церкви или носивший фамилию по прозвищу Налой, мог быть связан с храмом. Однако эта версия не единственная и не самая очевидная.

Более вероятно, что в основе лежит прозвище Налой, образованное от глагола «налоить» — в некоторых говорах это означало «натереть, намазать», а в переносном смысле — «навязать, настойчиво просить». Прозвище могли дать человеку навязчивому, надоедливому или, наоборот, умеющему «подмазаться», войти в доверие. В таком случае фамилия отражает не профессию, а черту характера.

Суффикс -ев указывает на восточнославянскую модель образования: «чей сын?» — Налоев, то есть потомок Налоя. Фамилия могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, где мирские имена и прозвища были в ходу до XVIII века. Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где встречаются аналогичные по модели фамилии вроде Налеев, Наливайко, Налимов.

В словарях фамилия не зафиксирована широко, что говорит о её локальном бытовании. Возможно, она возникла в одном роду и не распространилась за пределы определённой волости или станицы. Сравнение с однокоренными фамилиями (Налётов, Налимов) показывает, что корень «нал-» в прозвищах чаще связан с действием, а не с предметом, поэтому версия с «налоем» как церковным атрибутом уступает по правдоподобию прозвищной.