Фамилия Намоконов — редкая, но в ней хорошо читается модель, по которой в XVII–XIX веках в Забайкалье и Восточной Сибири формировались фамилии у бурят и эвенков. Её основа — «Намокон» — это русифицированная форма бурятского имени Намхан (Намхай), которое восходит к тибетскому «намкха» — «небо». В бурятской антропонимике имя Намхан означало «небесный», «чистый», «светлый» и часто давалось мальчикам как пожелание ясной судьбы.

Суффикс «-ов» здесь — типичный русский патронимический показатель, который «пришивали» к инородческим именам при крещении или при составлении ревизских сказок. То есть Намоконов — буквально «сын Намокона». Сдвиг ударения (Намоконов, а не Намоконов) закрепился в русской передаче, хотя в оригинальном имени ударение падало на первый слог.

Интересно, что фамилия почти не встречается за пределами Бурятии и Иркутской области. Это указывает на локальное бытование: предки носителя, скорее всего, были бурятами-скотоводами из Агинского или Баргузинского ведомства, принявшими православие в XIX веке. В некоторых метрических книгах XIX века фамилию писали как «Намоконовъ» или «Намоконнов», с двойным «н» — это случайное усиление суффикса, не меняющее смысла.

Есть и вторая, менее вероятная версия: что «Намокон» — это искажённое тюркское «намаз» + «кан» («кровь»), но она не подтверждается ни географией, ни типовыми для бурятской ономастики формами. Правдоподобнее держаться за «небесное» происхождение.