Фамилия Номоконов напрямую связана со словом «номоканон» — так в православной традиции называли сборник церковных правил и византийских законов. На Руси это слово было известно в форме «номоканон» и обозначало книгу, по которой судили и устанавливали порядок церковной жизни. Отсюда и прозвище Номокон, которое мог получить либо человек, владевший такой книгой, либо тот, кто хорошо знал церковные уставы и следил за их соблюдением. Не исключено, что основателем рода был законопослушный, верующий, набожный человек, которого в округе называли Номоконом за строгость нравов и приверженность порядку.

Интересно, что в народной разговорной речи сочетание «ан» в середине слова со временем утратилось, и «номоканон» превратилось в «Номоконов». Это типичный пример того, как книжное, церковное слово адаптировалось в крестьянской среде и становилось основой для фамилии. Подобное явление встречается и в других фамилиях: например, от нарицательного «роза» возникала фамилия Розов, а не Розин, хотя по правилам русского языка суффикс -ов присоединяется только к словам мужского рода. Здесь же народная этимология и привычка к простым формам взяли верх над грамматикой.

Модель образования фамилии — типичная для русских отчеств: прозвище Номокон плюс суффикс -ов, то есть «сын Номокона». Такая схема была самой распространённой на Руси с XV–XVII веков, когда фамилии закреплялись за крестьянскими и посадскими родами. Поскольку основа прозвища связана с церковной книгой, можно предположить, что предки Номоконовых были людьми грамотными, возможно, причетниками, псаломщиками или старостами при храме — теми, кто имел доступ к церковным текстам и следил за их исполнением. Однако точных документальных свидетельств о конкретном родоначальнике нет, поэтому эта версия остаётся правдоподобной, но не единственной.

Фамилия редкая и имеет восточнославянский, скорее всего русский или сибирский, след. Встречается преимущественно в Забайкалье и на Дальнем Востоке, что косвенно подтверждает связь со старообрядческими или казачьими общинами, где церковные уставы соблюдали особенно строго. Возможно, предки Номоконовых были из числа служилых людей, которые осваивали Сибирь и несли с собой не только оружие, но и книги церковного права. В любом случае, фамилия эта — редкий пример того, как византийское юридическое понятие прижилось в русской деревне и стало родовым именем.