Фамилия Номоконова почти наверняка имеет искусственное происхождение, и в этом её главная особенность. Такие фамилии в массе своей рождались в семинарской среде, и у этого было две основные причины. Либо у человека к моменту поступления в семинарию ещё не было официально закрепившейся фамилии, а её требовалось указать в документах, — и тогда её придумывали на месте. Либо естественно сложившаяся фамилия будущего церковнослужителя ассоциировалась с вещами, неподобающими сану: Пьянов, Любовников, Разгуляев — и наставники рекомендовали сменить её на более благозвучную и подобающую. В обоих случаях выход искали в книжной, церковной лексике.

Основа фамилии — слово «номоканон», которое обозначает сборник церковных правил, византийский свод, соединявший императорские законы о церкви и каноническое право. Это греческое по происхождению слово (nomos — закон, kanon — правило) попало на русскую почву вместе с церковной книжностью. От него и образовали прозвище Номокон, а уже от прозвища — фамилию Номоконова. Суффикс -ов указывает на принадлежность: потомок человека по прозвищу Номокон. Модель типичная для русских фамилий, но сама основа — редкая и книжная.

Впрочем, не исключено, что прозвище Номокон могло закрепиться и без всякой семинарии — за мирянином, который был законопослушным, верующим, набожным человеком и получил такое прозвище от односельчан за своё благочестие. Но версия с искусственным происхождением выглядит правдоподобнее: слишком уж специфичен и небытов корень. В народной разговорной речи слово быстро потеряло сочетание «ан»: номоканон превратился в «номокон», а затем и в фамилию. Так что в основе лежит не личное имя и не ремесло, а книжное слово, что само по себе редкость.