Фамилия Номаконова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа не связана с распространёнными славянскими корнями, и первое, что бросается в глаза, — это сочетание «нома» и «кон», которое наводит на мысль о греческом или церковном влиянии. Скорее всего, в основе лежит слово «номоканон» — так в православной традиции назывался сборник церковных правил и гражданских законов, составленный на основе византийского права. «Номоканон» происходит от греческих «номос» (закон) и «канон» (правило). Таким образом, Номаконова — это фамилия, образованная от прозвища Номакон, которое могли дать человеку, связанному с церковным судом, книжному или начитанному в каноническом праве.

Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: «чей?» — Номаконова, то есть дочь или жена Номаконова. Сама фамилия женская, а мужской вариант — Номаконов. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, но в данном случае редкая из-за книжного, а не бытового источника. Слово «номоканон» было известно в церковной среде, особенно среди духовенства и монахов, поэтому предки носительницы фамилии могли быть священнослужителями, писцами или судьями при архиерейском дворе.

Встречается фамилия преимущественно в южных регионах России, например, в Ростовской области и Краснодарском крае, что может указывать на миграцию греческого или славянского населения, связанного с церковными центрами. Споров о происхождении немного: альтернативная версия, что «Номакон» — это искажённое тюркское имя или прозвище, выглядит слабой, так как фонетика и смысл ясно отсылают к греко-славянской книжной традиции. Других однокоренных фамилий (вроде Номаконовский или Номаконцев) практически не зафиксировано, что подчёркивает редкость и узкую социальную нишу, из которой вышла эта фамилия.