Фамилия Нанигеев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В её основе, скорее всего, не славянский, а тюркский или иранский корень. Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования: «чей?» — «сын такого-то» или «принадлежащий ему». Но сама основа «Нанигей» требует отдельного разбора.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с азербайджанским или персидским словом «нани» (نانى) — «хлеб». В тюркских языках (например, в татарском или башкирском) «нан» тоже означает «хлеб». «Нанигей» могло быть прозвищем пекаря, хлебопёка или торговца хлебом. В таком случае Нанигеев — это «сын хлебопёка» или «сын того, кого прозвали Хлебом» (возможно, за щедрость или профессию). Прибавка «-гей» могла возникнуть из тюркского аффикса принадлежности или как диалектное искажение (ср. «нанигей» — «хлебный человек»).

Менее вероятная, но допустимая версия — от личного имени Нанигей, которое могло быть вариантом крестильного имени. Однако в святцах такого имени нет, что делает эту гипотезу слабой. Более правдоподобно, что фамилия образована не от церковного, а от прозвищного имени, данного по роду занятий или внешности.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением: Поволжье, Кавказ, юг России. Встречается она крайне редко, что говорит о её локальном, возможно, даже семейном происхождении — фамилия могла закрепиться за одной ветвью в определённом селе. Сравнение с однокоренными фамилиями (Наниев, Нанишвили, Нани) подтверждает восточную, кавказскую или тюркскую основу.

Таким образом, предок Нанигеевых, скорее всего, был человеком, связанным с выпечкой или торговлей хлебом, а сама фамилия — это отчество от прозвища, которое дали по его ремеслу.