Фамилия Напарьина — женская форма, а её мужской вариант — Напарьин. С точки зрения словообразования это типичная «патронимическая» фамилия на -ин, то есть образованная от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. Вопрос в том, что легло в основу: ремесло, географический объект или прозвище.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с глаголом «напарывать» или существительным «напарье». В русских говорах «напарье» — это инструмент, разновидность бурава или сверла, которым пользовались плотники, бондари и столяры для высверливания отверстий. Соответственно, прозвище Напаря (или Напарь) мог получить человек, который либо делал такие инструменты, либо был искусным мастером по работе с деревом. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — сын Напари. Таким образом, Напарьин — потомок человека, которого в округе знали по прозвищу, связанному с плотницким делом.

Менее распространённая гипотеза отталкивается от диалектного слова «напарь» — так в некоторых регионах называли нарост на дереве, кап. В этом случае прозвище могло быть дано человеку с какой-то внешней особенностью (например, шишкой или родинкой) либо тому, кто жил возле приметного дерева с наростом. Однако связь с орудием труда выглядит более логичной, так как фамилии от названий профессий и инструментов — один из самых частых и естественных путей образования русских фамилий.

География фамилии Напарьин/Напарьина тяготеет к северным и центральным регионам России: она встречается в Вологодской, Кировской, Пермской областях, а также в Зауралье. Это косвенно подтверждает «плотницкую» версию: в лесных регионах с развитым деревянным зодчеством мастерство владения напарьем было востребовано и ценилось.

В исторических документах фамилия фиксируется с XVII века. Например, в переписных книгах Вятского уезда упоминаются крестьяне Напарьины. Социально фамилия почти наверняка крестьянская или посадская — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Сословная принадлежность предков — пашенные крестьяне или ремесленники, работавшие с деревом.