Фамилия Наперов образована от прозвища или мирского имени Напер. В русских говорах слово «напёр» имело несколько значений, и все они бытовые, конкретные. Самое прямое — «напор», усилие, натиск. Так могли прозвать человека настойчивого, напористого, упрямого. Но есть и другая, более прозаичная версия: «напёром» в некоторых областях называли инструмент для пробивания отверстий — прообраз шила или буравчика. В этом случае родоначальник Наперовых был ремесленником, работавшим с кожей, деревом или металлом.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Наперов — сын Напера. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, и географически она тяготеет к центральным и южнорусским областям, где слово «напёр» бытовало в живой речи. В писцовых книгах XVI–XVII веков фамилия не встречается — скорее всего, она оформилась позже, в эпоху массового закрепления фамилий за крестьянами после отмены крепостного права.

Любопытно, что однокоренных фамилий немного. Есть Напёртков — от «напёрсток», но это совсем другая история. Наперов же стоит особняком: его основа не уменьшительная, а прямая, грубоватая. Если бы прозвище давали от слова «наперсник» (приближённый, любимец), фамилия звучала бы как Наперсников. Но тут корень иной, и это важно для понимания: предок был не «любимчиком», а человеком с характером или с ремеслом, связанным с усилием.

В современных справочниках фамилия редкая. Встречается в Воронежской, Тамбовской и Ростовской областях, что подтверждает её южнорусские корни. Вариантов написания, кроме как через «е», практически нет: ударение устойчиво падает на второй слог — Напе́ров.