Фамилия Напиденин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного суффикса -ов, -ев или -ин, а окончание -ин есть, но оно присоединено к основе, которая звучит как «Напиден». Чтобы понять корень, нужно отбросить суффикс -ин, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность («чей?» — Напиденин значит «сын Напидена» или «человек из рода Напидена»). Остаётся основа «Напиден» — это либо имя, либо прозвище, либо искажённое географическое название.

Самая вероятная версия — прозвище Напидень. В русских говорах, особенно в южных и западных регионах, слово «пидень» или «пидён» могло означать что-то мелкое, незначительное, либо относиться к одежде (ср. «пиджак» в народном произношении). Приставка «на-» в прозвищах часто носила усилительный или ироничный оттенок: «напидень» — человек, который слишком много внимания уделяет внешнему виду, «напиденился» — нарядился. Но есть и более прозаичное объяснение: фамилия могла возникнуть как вариант написания от «Напидённый» или «Напидёнов», где конечное «-ин» заменило более распространённый суффикс из-за диалектного произношения.

С географической точки зрения фамилия Напиденин встречается крайне редко. Основные очаги — юг России, Украина и, возможно, Белоруссия. Это указывает на то, что предки носителя фамилии могли быть выходцами из казачьих или крестьянских семей, где прозвища давались по внешним признакам или поведению. В официальных документах XIX века такая фамилия могла писаться через «о» — Напиденов, а позже закрепилась в современной форме.

Второстепенная, но менее правдоподобная версия — связь с топонимом. Существует село Напидено (не путать с Надеждино) в некоторых областях, но его существование не подтверждено надёжными источниками. Если бы фамилия произошла от названия места, она скорее звучала бы как Напиденский или Напиденов.

Словообразовательная модель проста: прозвище Напидень (или имя Напиден) плюс притяжательный суффикс -ин. Фамилия не дворянская и не купеческая — скорее всего, крестьянская или мещанская. В сословном отношении предки были, вероятно, однодворцами, казаками или государственными крестьянами. Точных данных о знаменитых носителях нет — фамилия остаётся локальной и малочисленной.