Фамилия Напеденина — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, диалектный глагол. Разберём её по частям: корень здесь неочевиден, но суффикс -ин выдаёт типичную русскую модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «напедить». В говорах русского Севера и Сибири этот глагол означал «наделать хлопот, напутать, навредить по неосторожности» или «наговорить вздор». Человек, получивший прозвище Напеденя, мог быть растяпой, путаником или болтуном. Менее распространённое значение того же слова — «накормить досыта», что даёт иной, почти ласковый оттенок прозвища: обжора или тот, кто любит хорошо поесть. Оба варианта возможны, но первый встречается в диалектных словарях чаще.

Суффикс -ен- в основе (Напеденя) указывает на то, что прозвище образовано от глагольной формы с помощью продуктивного в севернорусских говорах суффикса -ен(я). Такие прозвища — Напеденя, Заикеня, Болтеня — были типичны для крестьянской среды Архангельской, Вологодской и Вятской губерний. Фамилия Напеденина — это матроним или фамилия по отцу: Напеденин сын, то есть сын Напедени. Женская форма на -а указывает на то, что носительница — женщина, мужской вариант фамилии — Напеденин.

Другие версии — от финно-угорского корня или от искажённого имени Надежда — маловероятны. Первая не подтверждается фонетикой, вторая — отсутствием смягчения (Надеждин, а не Напеденин). Таким образом, фамилия Напеденина — редкий ономастический след северной диалектной лексики, закрепивший за предком прозвище по его поведению или привычке.