Фамилия Насонкин — это классический пример русской «сыновней» фамилии, образованной от личного имени или прозвища через уменьшительную форму. Корень здесь — имя Насонка, которое, в свою очередь, восходит к каноническому имени Иасон. В переводе с греческого оно означает «целитель». Православный календарь дает этому имени несколько покровителей: апостол Иасон поминается 17 января, мученик Иасон — 1 апреля, а святитель Иасон — 25 октября. Имя было известно на Руси, но редким, что делает фамилию довольно нечастотной.

Словообразовательная цепочка проста: Иасон → Насон (упрощение начального «и» и утрата безударного) → Насонка (уменьшительно-ласкательная форма) → Насонкин (притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, отвечающее на вопрос «чей?»). Фамилия буквально означает «сын Насонки». Такой тип фамилий, образованных от уменьшительных имен, был широко распространен в крестьянской среде: одно и то же имя в разных семьях давало разные фамилии — например, от Ивана могли произвести Ивашкина, Ванюшина или Ванечкина.

Существует и вторая, менее очевидная версия происхождения, которую приводят исследователи. Нарицательное слово «насон» в старинных говорах означало «дикий мак». Растение это в народной культуре использовали как оберег: считалось, что оно помогает от сглаза, порчи, скорби и дурных мыслей. Если имя Насонка давали ребенку именно от этого слова, то родители вкладывали в него пожелание, чтобы природа воспринимала младенца как своего, а к нему перешли защитные свойства растения. Эта версия менее вероятна, чем связь с церковным именем, но полностью исключать ее нельзя: прозвища от названий трав и цветов в русской ономастике встречаются постоянно.

Практические сведения о носителях фамилии сохранились в региональных Книгах памяти. В Омской области упоминается Василий Сергеевич Насонкин, родившийся в 1884 году в деревне Больше-Араль Иконниковской волости Калачинского уезда. В Тамбовской области — Николай Иванович Насонкин, родившийся в 1899 году в Рассказово. Обе записи датируются концом XIX века и показывают, что фамилия встречалась и в Сибири, и в центральной России, причем в разных социальных слоях — и среди крестьян, и среди мещан. География бытования указывает на то, что фамилия не была привязана к одному региону, а распространялась вместе с носителями.