Фамилия Насупкина — женская форма, мужской вариант — Насупкин. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: к основе прозвища или имени добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Насупкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Насупка). Эта модель типична для фамилий, возникших в северных и центральных регионах России, в среде крестьян и посадских людей.

Основа фамилии — слово «насупка». В русских говорах так называли хмурого, насупленного человека, того, кто «насупился» — нахмурил брови, сдвинул их к переносице, выражая недовольство или сосредоточенность. Глагол «насупиться» известен с древности, а прозвище Насупка закреплялось за человеком с характерной мимикой или угрюмым нравом. В старину такие бытовые имена давали не в обиду, а для точного узнавания человека в общине — по внешности, поведению или привычкам.

Поскольку фамилия редкая и недворянская, её носители, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками. В документах XVII–XVIII веков можно встретить однокоренные прозвища: Насуп, Насупленко. У фамилии Насупкин есть варианты с другим суффиксом — Насупов (от прозвища Насуп), но Насупкин встречается реже, что говорит о локальном бытовании, возможно, в нескольких сёлах на севере европейской России.

Интересная деталь: в отличие от фамилий, образованных от положительных качеств (Добрынин, Умнов), Насупкин — пример «отрицательной» характеристики, которая со временем потеряла оценочный оттенок. Для предка-носителя прозвище Насупка было просто внешним признаком, как для Кривошеева или Носова. Сейчас фамилия звучит необычно и вызывает ассоциации с нахмуренным, серьёзным человеком — но это лишь отголосок давнего прозвища, а не приговор характеру потомков.