Фамилия Натаниэль стоит особняком в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели фамилий на -ов, -ин или -ский, потому что это не фамилия в исконном русском смысле, а библейское личное имя, перешедшее в разряд наследственных прозвищ. Её основа — древнееврейское имя Нетанья́ (נְתַנְיָה), которое значит «дарованный Богом» или «дар Яхве». В греческой и славянской традиции имя закрепилось как Нафанаил, а в западной, через латинскую транскрипцию, — как Натаниэль.

В России фамилия Натаниэль — явление редкое и, скорее всего, позднее. Она не могла возникнуть в крестьянской или купеческой среде, где фамилии образовывались по патронимическому принципу (Иван — Иванов, Кузнец — Кузнецов). Носители этой фамилии — почти наверняка потомки людей, получивших её при смене документов или при переезде: например, еврейских семей, которые в XIX — начале XX века при записи в метрические книги или при получении паспортов в Российской империи записывали имя главы семьи как фамилию. В таком случае Натаниэль — это не отчество, а напрямую имя отца, ставшее родовым именем.

Другая, менее вероятная, но возможная версия — это русификация иностранной фамилии. В англоязычных странах фамилия Nathaniel встречается как производная от того же имени, и её носители могли переселиться в Россию. Однако в русском контексте фамилия почти всегда указывает на исходное имя, а не на прозвище по роду занятий или месту жительства.

Главное, что отличает эту фамилию от подавляющего большинства русских, — её «прозрачность»: она не требует расшифровки через суффиксы. Основа и есть целая фамилия. Поэтому, если вы носите фамилию Натаниэль, ваши предки, скорее всего, были людьми, для которых библейское имя имело прямое личное значение, а не просто церковный календарь.