Фамилия Наткин — редкий случай, когда модель образования не вызывает споров, а вот корень даёт сразу несколько версий. Она построена по схеме «основа + -ин»: это притяжательный суффикс, который в русских фамилиях указывал на принадлежность («чей?» — Наткин, то есть сын или человек Натки). Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

Сложность — в основе «Натк-». Самое прямое объяснение: это разговорная или диалектная форма имени Анатолий. В крестьянской среде полные имена часто сокращали до одного-двух слогов: Толя, Толька, а от них — фамилии Толькин, Толкин. Но существовал и вариант Натоля, Натка — отсюда Наткин. Такая версия правдоподобна, потому что в русских фамилиях много производных от уменьшительных форм канонических имён (Иванов — от Иван, но Ванькин — от Ванька, и так же Наткин — от Натка).

Вторая версия отсылает к еврейской традиции. Фамилия Наткин (с ударением на первый слог) встречается у евреев-ашкеназов и образована от мужского имени Носон (Натан) через уменьшительную форму Натка. Суффикс -ин здесь работает так же, как в русских фамилиях, — указывает на потомка. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилии на -ин у евреев Российской империи нередко возникали под влиянием русской словообразовательной модели, особенно на территориях современной Украины и Беларуси.

Третья, менее вероятная гипотеза: прозвище Натка могло быть связано с глаголом «наткать» (наткать холста). В этом случае фамилия указывала бы на занятие предка — ткача или человека, чья семья славилась ткачеством. Но такая версия слаба, потому что прозвища от глагольных форм в третьем лице («ткал», «прял») встречаются, а форма «натка» как самостоятельное прозвище не зафиксирована в известных ономастических источниках.

География фамилии Наткин размыта: она встречается и в русских сёлах, и в еврейских местечках. В дореволюционных документах её можно найти среди мещан и купцов, но сословная привязка не прослеживается чётко. Споров между версиями нет — обе рабочие, и угадать, какая из них относится к конкретному роду, можно только по семейному преданию или региону происхождения предков.