Фамилия Надькин на первый взгляд кажется простой, но её основа ставит перед исследователем интересную задачу. Самое очевидное объяснение — связь с прилагательным «нагой», то есть голый, раздетый, бедный. В старину прозвище Нагой давали не только тому, кто ходил в обносках, но и человеку неимущему, а иногда — с иронией, как охранительное имя. Однако здесь работает суффикс -ин, а не -ов: Надькин — чей? — сын Надьки. Форма Надька — это не просто уменьшительное от Нагой, а результат типичного для русской речи упрощения: «г» перед суффиксальным «к» перешло в более мягкое «дь» (сравните: нога — ножка, но в диалектах встречается и «надька»). То есть Надька — это тот же Нагой, но в обиходном, бытовом варианте.

Есть и вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование. В некоторых южнорусских и украинских говорах «надь» или «надька» могло означать «надежда» — от имени Надежда через форму Надя. В таком случае фамилия Надькин — это отчество от уменьшительной формы женского имени. Подобные случаи не редкость: фамилии вроде Машкин, Катькин образовывались от имён матерей, если женщина была главой семьи или вдовой. Однако для фамилии Надькин эта версия менее вероятна: суффикс -ин чаще присоединялся к мужским прозвищам, а женские имена давали фамилии в основном на -ин тоже, но обычно с ударением на основу (Надькин — ударение на первый слог, что типично для мужских основ).

Географически фамилия тяготеет к центральным и поволжским регионам России, встречается в Нижегородской, Пензенской, Ульяновской областях. Это говорит о том, что предки носителя фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по уличному прозвищу. Таким образом, Надькин — это «сын того, кого звали Надька», а прозвище, в свою очередь, указывало либо на бедность, либо на какую-то внешнюю особенность, связанную с отсутствием одежды или покрова.