Фамилия Надькина образована от мирского имени Надька — так в старину могли звать человека, носившего нецерковное древнерусское имя Надей или Надежа. Такие имена-обереги давали с пожеланием, чтобы ребёнок оправдал надежды родителей, вырос крепким и удачливым. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Надькина буквально значит «дочь или жена Надьки», а первоначально фамилия закрепилась за потомками конкретного человека.

Менее вероятно, что Надька — это производное от женского имени Надежда. Хотя имя Надежда пришло на Русь из греческого языка (от слова эльпис) и выражало идею препоручения себя Богу, переживание нахождения в руках Божьих, в народной среде его часто переосмысляли. Однако для мужского прозвища Надька такое происхождение сомнительно: в древнерусской традиции уменьшительные формы женских имён редко становились основой фамилий у мужчин. Правдоподобнее видеть здесь именно мужское имя Надей, которое встречается в старых актах и писцовых книгах.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму с конечным -а, что типично для женского варианта, но в данном случае это родовое имя, закрепившееся за всей семьёй. Подобные фамилии на -ин чаще встречаются на севере и в центральной России, где была распространена традиция называть детей неканоническими именами. Таким образом, потомок человека по имени Надька со временем получил фамилию Надькина, и в ней застыла память о том, что предок был человеком, на которого возлагали надежды.