Фамилия Надеина произошла от древнерусского нецерковного мужского имени Надей. В старину на Руси такие имена давали не при крещении, а в быту, чтобы уберечь ребёнка от сглаза или подчеркнуть какое-то качество. Смысл имени прозрачен: Надей — тот, на кого можно положиться, кто сам надеется на лучшее. Существовал и более полный вариант — Надежа, от которого позже образовались родственные фамилии Надеждин и Надёжин.

Модель образования здесь классическая для русских фамилий: к основе Надей добавили суффикс -ин, который указывал на принадлежность. Первоначально форма Надеина означала «чей ты?» — то есть «дочь, жена или вдова Надея». Важная деталь: суффикс -ин, а не -ов, закреплялся за основами, оканчивающимися на мягкий согласный или на -а/-я. Поэтому от имени Надей логично получилась именно Надеина, а не Надеев.

Поскольку имя было мирским, а не каноническим, фамилия чаще встречалась в крестьянской и посадской среде, где такие прозвища держались особенно стойко. В документах XVII–XVIII веков фиксировали и мужскую форму Надеин, и женскую Надеина — в те времена фамилии ещё не устоялись окончательно, и женщину могли записать по отцу с тем же окончанием. Со временем форма Надеина закрепилась как самостоятельная, а не просто как вариант мужской.

Любопытно, что имя Надей не стоит путать с женским Надежда. Несмотря на общий корень, Надей — мужское имя, и оно не имеет прямого отношения к христианской мученице Надежде. Скорее, это чисто народное имя-оберег, отражавшее пожелание ребёнку удачи и уверенности в будущем. Потомок человека с таким именем, по сути, носил в фамилии память о том, что его предок был человеком надёжным, на которого полагались в семье и общине.