Основой фамилии Надеенко послужило мирское имя Надей. Имя Надей (или Надежа) – древнерусское нецерковное мужское личное имя, которое означает «надежда, будущая опора». Менее вероятна версия о том, что имя Надей образовано от женского полного имени Надежда. Оно, в свою очередь, пришло из греческого языка – от слова эльпис. Надежда выражает идею препоручения себя Богу, эмоциональное переживание состояния нахождения в руках Божьих и убежденности в справедливости и милосердии Божьем. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Надей, со временем получил фамилию Надеенко.