Фамилия Накина — женская форма, а её мужской вариант — Накин. Это типичная «инская» модель, где суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Накин, то есть сын, потомок или человек из семьи Наки. Такая модель в русских фамилиях одна из самых распространённых, но основа здесь неочевидная.

Корень Нака- мог произойти от нескольких источников. Самая прямая версия — от прозвища или нецерковного имени Нака. В старых русских говорах «нака» могло означать «наглый, дерзкий человек», но это слово было редким и локальным. Более вероятно, что основа восходит к уменьшительной форме крестильного имени: например, к Иона (древнееврейское «голубь») или Анна (древнееврейское «благодать»). В народной речи от них образовывали сокращения вроде Нака, Накай. Тогда Накин — это «сын Наки», где Нака — домашнее имя человека, названного в честь святого Ионы или святой Анны.

Интересная деталь: фамилия Накин (и Накина) встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. Это не случайно. Именно в северных диалектах сохранилась старая форма кратких имён без суффиксов: Ваня — Ванка, Петя — Петка, Иона — Ионка или Нака. Фамилия могла закрепиться за крестьянином или ремесленником, которого в быту звали просто Нака.

Есть и более прозаичная версия: в некоторых говорах «нака» — это «накидка, накладка» (например, на воз с сеном). Прозвище Нака могли дать человеку, который постоянно что-то накидывал сверху — одежду, груз, или просто сутулому, как бы «накинутому» на себя. Но эта гипотеза менее убедительна: прозвища от вещей обычно давали по характерному предмету (Шапка, Лапоть), а не по действию.

Таким образом, носитель фамилии Накина с высокой вероятностью происходит от человека, которого в XV–XVII веках звали Нака — скорее всего, сокращённым именем от Иона или Анна. Фамилия не дворянская, не купеческая — она вышла из крестьянской или посадской среды Русского Севера, где такие простые формы имён держались дольше всего.