Фамилия Нафина — женская форма, мужской вариант — Нафин. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы, оканчивающейся на согласный, с помощью суффикса -ин. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком — в дворянской среде чаще использовали фамилии на -ов/-ев и -ский.

Корень фамилии — личное имя Нафя. Оно не встречается в современных святцах, но могло быть краткой формой от канонических имён Ананий, Амфилохий или Ионафан. В бытовой речи XVI–XVII веков такие усечения были обычны: полное имя сокращали до первого слога или части, а затем добавляли уменьшительно-ласкательный суффикс -я. Нафя — это не имя, а прозвищное обращение, которое затем закрепилось как фамильное прозвание.

Вторая, менее вероятная версия связывает Нафина с тюркскими корнями. В татарском и башкирском языках есть слово «наф» — «польза, выгода», а также имя Нафис (красивый, изящный). Однако фамилия с окончанием -ин в таком случае была бы скорее исключением: тюркские фамилии в русской среде чаще оформлялись через -ов. Поэтому версия с русским кратким именем выглядит правдоподобнее.

География фамилии неширокая, но устойчивая. Нафины встречаются в Поволжье, особенно в Нижегородской области и Чувашии, а также на Урале. В этих краях в XIX веке жило много государственных крестьян, чьи фамилии нередко образовывались от домашних, нецерковных имён. Фамилия Нафина — один из таких живых следов народной ономастики, где за простой формой стоит давняя традиция сокращать длинные церковные имена до коротких бытовых.