Фамилия Начина — один из тех случаев, когда корень слова намекает на профессию, но не напрямую, а через прозвище. В основе лежит глагол «начинать» или, что вероятнее, существительное «начин» — так в старых русских говорах называли начало, почин, а также инициативу или первый шаг в каком-либо деле. Человек, получивший прозвище Нача, Начин или Начина, мог быть зачинателем, тем, кто первым брался за работу, затевал новое дело или отличался предприимчивостью. В северных и сибирских диалектах, например, «начина» — это ещё и «заводчик», «затейщик», что усиливает версию о прозвище по характеру.

Фамилия образована по простой и древней модели: от прозвища на -а с помощью суффикса -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей сын?» — Начина, то есть сын или потомок Начи. Этот тип характерен для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге. В отличие от фамилий на -ов, которые тяготеют к названиям профессий (Кузнецов), Начина скорее указывает на личное качество или поведение предка.

Менее вероятная, но допустимая версия — происхождение от имени Начина как варианта канонического имени Анастасий (в женской форме Анастасия). В народной речи имя могло редуцироваться до Начи, а фамилия — закрепиться за потомками. Однако эта гипотеза слабее: прозвищная версия объясняет фамилию проще и не требует допущений о редкой форме имени.

В ономастических работах, например у Б. Унбегауна, фамилии с корнем «начин-» не выделяются в отдельную группу, но сама модель «глагольная основа + суффикс» типична для прозвищ, данных «по делу». Социального статуса фамилия не раскрывает: Начина мог быть и крестьянином, и посадским человеком — прозвище давали за личную инициативу, а не за сословие. В современных справочниках фамилия редкая, встречается в основном на Урале и в Сибири, что косвенно подтверждает диалектное происхождение от «начина» в значении «зачинщик, заводчик».