Фамилия Начинина — одна из тех, где женская форма на -а скрывает мужскую основу на -ин. В паспорте и быту она закрепилась за женщинами, а исторически восходит к мужскому варианту Начинин. Такая модель типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность, буквально «сын Начини» или «из семьи Начинина».

Словообразовательная загадка здесь — в корне. Основа «начин-» неочевидна. Самое прямое объяснение — от глагола «начинать». В русских говорах «начина» или «начин» могло быть прозвищем зачинателя, запевалы, человека, который первым начинал дело, песню или спор. В ономастике это редкий, но логичный случай: прозвища по действию давали охотно, особенно если человек выделялся инициативностью или первым брался за работу.

Версия с отчеством от имени Начина тоже имеет право на существование. В старых документах встречается имя Начин — возможно, усечённая форма от Начинаний, Начинатий (от «начинать» в значении «начинающий, новичок»), но это скорее книжная гипотеза. В быту имя Начин почти не зафиксировано, а вот прозвище «Начина» — вполне реально.

Географически фамилия Начинина нешироко распространена. Встречается в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что подтверждает севернорусский тип фамилий на -ин. В этих краях прозвища часто отражали не ремесло, а черту характера или поведение, так что «начина» — человек, который не боится быть первым, — звучало естественно.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Начин, Начинкин, Начинский) показывает, что вариант Начинин — самый частый в женской форме. Мужская форма Начинин встречается реже, что говорит о том, что фамилия могла закрепиться именно через мать или вдову, когда детей записывали по материнской линии — обычная практика в северных деревнях XVIII–XIX веков.