Фамилия Наубетов — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, а значит, и с исходным прозвищем. Основа здесь — «Наубет», и это не искажённое имя и не заимствование, а русское прозвище, образованное от глагола «нау́бивать» — то есть «набить, наколотить, наготовить в большом количестве». В говорах слово «нау́бет» означало «обилие, множество, куча»; так могли назвать человека, который много работал, заготавливал припасы, или просто обладателя крепкого, «набитого» тела.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель XVI–XVII веков: «чей?» — Наубетов, то есть сын (или потомок) Наубета. Фамилия могла закрепиться в крестьянской или посадской среде, где прозвища давали по бытовым привычкам или внешности. В отличие от фамилий на -ин, образованных от основ на -а/-я, Наубетов — типичный «овский» вариант от мужского прозвища на твёрдый согласный.

Географически фамилия почти не встречается в центральных областях России; единичные носители зафиксированы в Поволжье и на Урале — регионах позднего заселения, куда переселенцы приносили свои прозвища уже в виде фамилий. В документах XVIII–XIX веков Наубетовы не упоминаются среди дворянства или купечества — скорее всего, это фамилия однодворцев или государственных крестьян.

Альтернативная версия (тюркская или кавказская) маловероятна: в языках этих групп нет корня, который дал бы похожее звучание и естественно оформился бы русским суффиксом -ов. Если бы основа была иноязычной, фамилия выглядела бы как Наубетов-оглы или сохранила бы ударение на последнем слоге, а в русском быту она склоняется по образцу «Иванов» — с ударением на втором слоге: Наубе́тов.

Не стоит искать в этой фамилии скрытого смысла или древнего рода. Она — прямое свидетельство того, что предок носителя был человеком дела: «нау́бет» — тот, кто набил руку, наготовил добра или просто был плотным, сбитым. Фамилия редкая, но прозрачная.