Фамилия Наубатов — редкий случай, когда тюркское прозвище стало основой для русского по форме, но не по духу окончания. С первого взгляда в ней угадывается типичная модель: основа + суффикс -ов, который в русских фамилиях указывал на принадлежность («чей?» — сын Наубата). Но само имя Наубат — не славянское и не христианское, а заимствованное из тюркских языков, вероятно, через казахскую или татарскую среду.

Корень «наубат» (варианты: нәубет, наубат, нөөбет) в тюркских языках означает «очередь», «черед», «смена», а также «дежурство» или «пост». В историческом контексте это слово нередко использовалось как личное имя или прозвище для человека, который родился «в свою очередь» (например, долгожданный ребенок после многих неудач) либо служил при каком-то учреждении по очереди — сторож, дневальный, караульный. Встречается и значение «музыкальный лад» (персидское заимствование через тюркское посредство), но в прозвищах оно маловероятно.

Скорее всего, первый носитель фамилии получил уличное прозвище Наубат — либо по характеру (человек, который любил все делать по порядку, по очереди), либо по роду занятий. В среде казахов, татар и башкир имя Наубат (Наубатбай) фиксировалось в документах XIX века, что подтверждает его бытование до того, как фамилии закрепились официально. Русский суффикс -ов добавился при переходе в российскую сословную систему: крестьяне или казаки, носившие это имя, при переписях записывались как Наубатовы.

Географически фамилия тяготеет к южному Уралу, Оренбуржью и западному Казахстану — зонам активного контакта русского и тюркского населения. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении, возможно, от одного родоначальника. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от имен на -а/-я (Наубата → Наубатин), вариант на -ов закрепился, потому что исходная форма имени воспринималась как мужская и твердая.

Таким образом, Наубатов — это фамилия-отчество, прямо указывающая на предка по имени Наубат. Спектр возможных занятий этого предка широк: от обычного крестьянина до сторожа или служилого человека, нёсшего «наубат» — дежурство.