Фамилия Наукенбаева — яркий пример того, как географическая привязка и национальная традиция имени переводят фамилию из разряда «русских» в разряд «русифицированных». Перед нами не славянская, а тюркская (казахская) фамилия, которая получила русское окончание -а, свойственное женскому роду. Мужской вариант — Наукенбаев.

Разбираем основу. В центре фамилии лежит сложное имя Наукенбай. Оно состоит из двух частей. Первая — Наукен. Это имя имеет несколько версий происхождения. Наиболее вероятная: от казахского «нау» — «праздник, торжество» (из персидского «навруз» — новый день). Вторая часть — «кен» — может означать «широкий, просторный» или «руда, копь». Вторая часть фамилии — «бай». В тюркских языках «бай» — это «богатый, хозяин, господин». Изначально это был социальный статус, позже превратившийся в популярный компонент личных имён. Таким образом, имя Наукенбай можно перевести как «богатый, как праздник» или «праздничный хозяин». Имя давали с пожеланием достатка и удачи.

Фамилия образована по русской модели: к основе имени Наукенбай добавили суффикс принадлежности -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих). В русской традиции так образовывали фамилии от имён и прозвищ: Иванов — сын Ивана, Наукенбаев — сын Наукенбая. Женская форма Наукенбаева указывает на то, что носительница — дочь или жена в семье Наукенбаевых.

Географически фамилия тяготеет к Казахстану и приграничным регионам России (Астраханская, Оренбургская области). Встречается она нечасто, что говорит о её локальном бытовании или относительно недавнем закреплении в документах. В XIX — начале XX века многие казахи получали фамилии именно по имени отца или деда, поэтому Наукенбаевы — это потомки человека по имени Наукенбай. Сословно предки, скорее всего, относились к скотоводам или земледельцам, но сам компонент «бай» намекает, что основатель рода мог быть зажиточным или уважаемым человеком в своей общине.