Фамилия Наукенова — женская форма, а мужская, Наукенов, образована по продуктивной для тюркских языков модели. В основе лежит личное имя Наукен, которое, в свою очередь, представляет собой сложносоставное имя. Первая часть, «нау», восходит к казахскому «нау» — «праздник, торжество» (от персидского «науруз» — Новый год). Вторая часть, «кен», распространенный компонент в тюркской ономастике, означает «широкий, просторный» или, в переносном смысле, «щедрый, богатый». Таким образом, имя Наукен можно перевести как «праздничный простор» или «щедрый, как праздник» — типичное для кочевой культуры имя-пожелание счастливой и изобильной жизни.

Словообразовательный суффикс -ов/-ова в данном случае — не исконно русский, а русифицированное оформление тюркской фамилии. В Казахстане и среди тюркоязычных народов фамилии часто получали окончание -ов/-ова в период советского делопроизводства, когда отчества и родовые имена фиксировались по русскому образцу. До этого носители могли именоваться просто Наукен (по отцу) или иметь традиционную родовую приставку, например, «Наукен-улы» (сын Наукена) или «Наукен-кызы» (дочь Наукена).

Географически фамилия Наукенова наиболее характерна для Казахстана, особенно для южных и западных областей, где распространены имена с компонентом «нау». В России она встречается редко, в основном в регионах с компактным проживанием казахов — Астраханской, Оренбургской областях, а также в диаспорах крупных городов. Встречаются варианты написания с «а» в начале — Анаукенова, что может быть следствием диалектного произношения или ошибок записи.

С социальной точки зрения, предки носителей фамилии, скорее всего, не принадлежали к высшей знати или духовенству: сложносоставные имена с пожеланиями благополучия чаще давали в среде скотоводов и земледельцев, где ценились здоровье и достаток. Однако точное сословное происхождение установить сложно, так как фамилия фиксировалась в XX веке, а до этого родовая принадлежность определялась по жузам и родам, а не по фамилии.

Редкость фамилии Наукенова делает её ценной для генеалогического поиска: носители, скорее всего, восходят к одному или нескольким родственным кланам, и при глубоком исследовании можно восстановить родовую линию до конкретного предка по имени Наукен, жившего, вероятно, в XVIII–XIX веках.