Фамилия Наукеева образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью суффикса -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный. В данном случае основа — Науке(й). Это указывает на то, что фамилия произошла от мужского имени или прозвища Наукей.

Корень здесь — Наук-, который с высокой вероятностью восходит к тюркскому слову «наук» или «науке» в значении «умный», «разумный», «учёный» (ср. казахское «науке» — в том же смысле). В среде татар, башкир, казахов и других тюркских народов это слово могло стать личным именем-пожеланием: родители называли сына Наукей, наделяя его качествами сообразительности и ума. Затем от этого имени по отчеству — «чей сын?» — образовалась фамилия: Наукеев, а для женщин — Наукеева.

Обращает на себя внимание, что фамилия эта достаточно редкая. Она не входит в число массовых русских фамилий, а сосредоточена преимущественно в регионах с тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди татарской диаспоры. Встречается и у казахов, но там форма обычно — Наукеев (без удвоения гласных).

В дореволюционной России такие фамилии часто получали крещёные татары или представители служилых татарских родов, которые переходили в православие. Однако сохранилась и мусульманская ветвь, где Наукеевы оставались в своей этнической среде. Точно сказать, к какому сословию принадлежали первые носители, без генеалогического исследования сложно: это могли быть и крестьяне, и купцы, и духовные лица.

Интересная деталь: написание фамилии с двумя «е» — Наукеева — встречается реже, чем вариант Наукеев, и может указывать на адаптацию к русской орфографии, где безударная гласная в суффиксе не всегда пишется так, как слышится. В некоторых документах XIX века можно найти формы «Наукеев» и «Наукеева» как мужской и женский варианты одной семьи, но в современном паспортном учёте фамилия закрепилась именно с двумя «е» в женском роде.