Фамилия Нукеева образована от мужского имени Нуке, а оно, в свою очередь, восходит к тюркскому слову «нукер» (нукер, нукяр). В монгольских и тюркских языках этим словом называли дружинника, воина из личной гвардии хана или знатного вельможи. В Золотой Орде и более поздних ханствах нукеры составляли привилегированную прослойку — не просто слуги, а профессиональные воины, приближённые к правителю. Таким образом, основатель рода Нукеевых мог получить прозвище Нуке как указание на принадлежность к этой военной элите или как ласкательно-уменьшительная форма от «нукер».

Суффикс -ев в фамилии указывает на русскую модель образования: «чей?» — Нукеев, то есть сын или потомок Нуке. Фамилия имеет типичную для тюркских народов, попавших в орбиту русского языка, форму — с патронимическим суффиксом, который закрепился в документах при записи в метрические книги или при переписях.

Географически фамилия Нукеева распространена в среде башкир, татар, казахов и других тюркоязычных народов. Встречается она и в формах Нукеев, Нукеров — с сохранением исконного корня. В башкирском языке имя Нуке зафиксировано как самостоятельное, и его семантика напрямую связана с воинским сословием, что подчёркивает социальный статус предка.

Спорных версий у фамилии практически нет: тюркское происхождение от «нукер» признаётся большинством ономастов. Редкая альтернативная гипотеза, связывающая её с арабским «нук» (вид рыбы), не выдерживает критики — она не подтверждается ни географией бытования, ни антропонимическими моделями.