Фамилия Наукин образована от имени или прозвища Наука. В русском языке это не каноническое церковное имя, а народная форма нескольких крестильных имён, чаще всего — Иоанн (в бытовом произношении Иван, от него — Ванечка, Ванюха, а в южнорусских и украинских говорах — Наум, Науменко). Но есть и другая версия: Наука — это напрямую уменьшительное от Наум (церковное имя, означающее «утешитель»). Так звали мальчиков, родившихся в день святого Наума, 1 декабря по старому стилю — покровителя учения («пророк Наум наведёт на ум»). В любом случае основа та же: имя Наум, которое в разговорной речи сократили до Наука.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Наукин буквально значит «сын Науки» или «из семьи Науки». Такая модель типична для центральной и северной России, где фамилии на -ин образовывали от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я (ср. Пушкин, Репин, Ильин). В южных и восточных регионах тому же корню чаще давали суффикс -ов: Наумов, Науков. Так что Наукин — вариант, закреплённый в говорах, где имя звучало с окончанием -а.

Географически фамилия встречается нечасто и в основном в трёх областях: в бывших владимирских и костромских землях, на юге Тамбовской губернии и в Сибири (куда переселенцы принесли её в XIX веке). Встречается и у мордвы-эрзи, где Наум также было популярным именем, но фамилию переоформили по русскому образцу. Среди однокоренных фамилий Наукин стоит особняком от более массовых Наумов и Науменко — он редкий и говорит о том, что предки жили в среде, где имя «Наука» было привычным, а не книжным.

Сословного барьера у фамилии нет: крестьяне, мещане, ремесленники. Известных носителей, попавших в энциклопедии, нет — это фамилия без громкой истории, но с чёткой этимологией. Если ваш предок — Наукин, скорее всего, он прямой потомок человека по имени Наум, которого в деревне звали ласково или буднично — Наука.