Фамилия Наукинова — женская форма от Наукинов, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов/-ев типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён. Основа здесь — «Наука». Но сразу оговоримся: прямого отношения к современному значению слова «наука» (как сфера знаний) у фамилии нет. В старину «наукой» называли не столько знание, сколько уменье, сноровку, а ещё — наказание, урок или порку («задать науку»). Вероятнее всего, прозвище Наука дали человеку с хитрой ухмылкой, мастеру на выдумки или тому, кого часто поучали — например, нерадивому ученику или подмастерью.

Есть и другая версия, более прозаичная. В некоторых русских говорах «наука» означала «обычай», «порядок» или «завет отцов». Тогда Наукой могли прозвать человека, который строго держался старых традиций, был консерватором в быту. Обе гипотезы укладываются в модель прозвищ по характеру или поведению — самых распространённых источников русских фамилий.

Географически фамилия редкая. В дореволюционных справочниках и современных базах фамилия Наукинов встречается точечно, преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах, где активно шло смешение севернорусского и волго-вятского населения. Это косвенно подтверждает, что корень мог быть диалектным, не общерусским.

С точки зрения словообразования, фамилия проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Наукинов сын). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Нау́кинов. В женской форме — Нау́кинова — ударение сохраняется. Фамилия не имеет отношения к тюркским или финно-угорским корням, она чисто русская по модели, хотя основа и нечастотная.

Если сравнивать с однокоренными, то в русских фамилиях есть Науков, Наукин, Наукович — все они восходят к тому же прозвищу Наука. Наукинова стоит особняком: суффикс -ин здесь не появился (была бы Наукина), а форма на -ов подсказывает, что прозвище было мужским и склонялось как существительное мужского рода (Наука → Науки). Такая модель типична для имён и прозвищ на -а: Гаврила — Гаврилов, Фома — Фомин, но Наука дало именно Наукинов, что встречается реже.

В итоге: носитель фамилии Наукинов — потомок человека, которого в деревне прозвали Наукой за сметливость, упрямство или приверженность старым порядкам. Фамилия редкая, диалектная, без громкой истории, но с живым и понятным корнем.