Фамилия Наухан — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно сразу отказаться от привычной модели «основа + суффикс принадлежности», потому что здесь нет ни типичного -ов, ни -ин. Фамилия застыла в форме, близкой к исходному прозвищу или имени. Это сразу подсказывает, что перед нами, скорее всего, позднее или нестандартное образование, записанное на слух.

Наиболее вероятная версия связывает Наухан с тюркским или кавказским антропонимом. В тюркских языках есть имя Наухан, которое можно разложить на две части: «нау» — «новый» (в некоторых диалектах) и «хан» — «владыка, правитель». В этом случае фамилия восходит к личному имени Новый хан, которое давали, возможно, новорождённому наследнику или младшему сыну в роду. Такая модель имяобразования типична для народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии, где сложные имена с компонентом «хан» были распространены у татар, башкир, кумыков, ногайцев.

Вторая, менее вероятная версия, выводит основу от арабского слова «наухан» (نوخان) — так в некоторых регионах называли старшего пастуха или погонщика верблюдов, человека, ответственного за выпас. В этом случае фамилия превращается в профессиональное прозвище, закрепившееся за родом. Однако эта гипотеза слабее, так как подобная лексема плохо фиксируется в письменных источниках и носит узкорегиональный характер.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: суффикса нет, окончание нулевое. Это характерно для фамилий, записанных в XIX–XX веках у народов, не имевших долгой традиции русских фамильных формантов. Если бы фамилия была русифицирована, она получила бы форму Науханов или Науханский, но этого не произошло. Значит, носители фамилии либо не входили в сословия, обязанные менять фамилии под русский шаблон (например, крестьяне окраин), либо фамилия была записана чиновником с сохранением оригинального звучания.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Она рассеяна по югу России, Закавказью и северному Казахстану, что косвенно подтверждает тюркскую версию. Известных исторических деятелей с такой фамилией нет, и в дворянских родословных книгах она не значится — это однозначно фамилия крестьянского или казачьего корня, возможно, связанная с переселениями народов в XIX веке.