Фамилия Наукраева — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её форма — женская, от мужской Наукраев, а суффикс -ев указывает на типичную модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный или -й. Основа здесь — «Наукрай» или, что вероятнее, «Наукраев» сразу от прозвища, которое в быту звучало как «Наукрай».

Корень фамилии — «украй» (от «украй», «край»). В русских говорах «украй» могло означать «окраина», «край», а также «украй» — «отрезанный кусок». Однако приставка «на-» меняет смысл: «наукрай» — это человек, который «на краю», то есть живущий на окраине села, на границе, или, в переносном смысле, держащийся особняком. В ономастических трудах (например, в исследованиях Б. Унбегауна) подобные модели с предлогом-приставкой «на» встречаются редко, что делает фамилию особенно интересной.

Версия, что Наукраев — это искажённое от «Новокраев» или «Навкратов» (от греческого имени Навкрат), маловероятна из-за отсутствия исторических подтверждений в русских переписях. Правдоподобнее, что прозвище дали человеку, который поселился «на у края», то есть на отшибе. Фамилия могла закрепиться за одним родом в конкретной местности — скорее всего, в центральных или южных губерниях России, где бытовали такие диалектные формы.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или однодворцами. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано. В современных базах данных Наукраева встречается единично, преимущественно в Волгоградской и Ростовской областях, что косвенно подтверждает южнорусский след.