Фамилия Наумушкина — это женская форма фамилии Наумушкин. Её основа — уменьшительно-ласкательное имя Наумушка, которое в свою очередь образовано от крестильного имени Наум. В переводе с древнееврейского Наум означает «утешитель». На Руси имя было популярно не только среди духовенства — существовала поговорка «Пророк Наум наставляет на ум», и 14 декабря (по старому стилю) считалось днём, когда начинали учить детей грамоте. Так что предок Наумушкиных мог быть либо человеком, которого в семье ласково звали Наумушкой, либо тем, кто получил прозвище за учёность или наставничество.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Наумушкин — это «сын Наумушки». Модель образования типична для северных и центральных губерний России, где фамилии на -ин так же распространены, как и на -ов. Однако сама основа с суффиксом -ушк- встречается реже, чем простые формы вроде Наумов или Наумкин. Это делает фамилию более «домашней» по происхождению — её дали не по отцу, а по ласковому внутрисемейному прозвищу.

В документах фамилия Наумушкин фиксируется с XVII века. В переписных книгах Новгородской и Вологодской земель встречаются крестьяне и посадские люди с таким именованием. В XIX веке носители фамилии чаще всего жили в Ярославской, Костромской и Вятской губерниях — регионах, где имя Наум было особенно в ходу.

С точки зрения словообразования, фамилия Наумушкина стоит в одном ряду с Иванушкин, Петрушкин, Степанушкин. Все они образованы по одной модели: полное имя + уменьшительный суффикс -ушк- + притяжательный суффикс -ин. Такие фамилии сохраняют тепло устной народной традиции, где человека называли не по паспорту, а по тому, как его окликали в семье.