Фамилия Наякшин — редкий случай, когда географический корень почти очевиден, но требует оговорок. В её основе лежит топоним Наякши — название нескольких деревень, существовавших на территории современной Кировской области и Татарстана. До революции крестьянам часто давали фамилию по названию родного села или деревни, особенно если семья переселялась и нужно было отличить «Ивана из Наякшей» от прочих Иванов. Так появился Наякшин — «тот, кто родом из Наякшей».

Модель образования проста: суффикс -ин, типичный для русских фамилий от основ на -а/-я. Если бы деревня называлась Наякшино, фамилия звучала бы как Наякшинский или Наякшинов, но именно форма Наякшин указывает на происхождение от названия населённого пункта в родительном падеже множественного числа: «из Наякшей». Это характерно для северных и волго-вятских говоров.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище от диалектного глагола «наякшиться» (в некоторых говорах — «наесться до отвала», «набить брюхо»). Однако эта гипотеза слабая: глагол редкий, а фамилия с таким значением выглядела бы скорее как Наякшов или Наякшев. Основной версии — топонимической — отдаёт предпочтение и география: большинство носителей фамилии Наякшин исторически сосредоточено в Кировской области, где и лежат деревни с этим названием.

Фамилия недворянская, нестарая — скорее всего, оформилась в XVIII–XIX веках, когда крестьянам массово присваивали фамилии по месту жительства. В святцах имени Наякша нет, так что вариант «от крестильного имени» отпадает сразу. Среди носителей фамилии встречаются люди разных профессий, но никакой «знаменитой» ветви, занесённой в родословные книги, не прослеживается — это фамилия крестьянского корня, каких тысячи.

Написание твёрдое: через «а» в первом слоге, ударение на второй слог — Ная́кшин. Вариант с «о» (Ноякшин) ошибочен и в документах не зафиксирован. Если вы носитель этой фамилии, ваши предки почти наверняка жили в одном из сёл на Вятке или в Закамье, и фамилия прямо указывает на малую родину — ту самую деревню, которой уже может не быть на карте.