Фамилия Наякшина — женская форма фамилии Наякшин. Её основа, при всей кажущейся необычности, скорее всего связана с тюркскими языками. Самая вероятная версия: она происходит от прозвища Наяк, которое восходит к тюркскому корню «наяк» — «ногаец» или «ногайский». В русских говорах и документах XVI–XVII веков словом «наяк» называли выходца из Ногайской Орды или человека, имевшего контакты с ногайцами. Прозвище могли дать за внешность, говор или род занятий (например, торговля с южными соседями). Фамилия образована по типичной русской модели с патронимическим суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «сын Наяка» → Наякшин. Географически фамилия Наякшины встречается в Поволжье и на Урале — в зоне активных контактов русского и тюркского населения. Встречается и альтернативная версия: от калмыцкого имени Наяк (в калмыцком «наяк» означает «восьмой», так могли назвать восьмого ребёнка в семье). Эта гипотеза менее распространена, но имеет право на существование, особенно если учесть, что калмыки кочевали в тех же регионах. Суффикс -ин в фамилии не оставляет сомнений в её русском грамматическом оформлении, но корень выдаёт не славянское, а степное происхождение прозвища. Таким образом, носители фамилии Наякшина — потомки человека, которого в русской среде прозвали Ногайцем, и эта память о межэтнических контактах сохранилась в фамилии уже несколько столетий.